FENE势函数的函数图像和不同版本
FENE（finitely extensible nonlinear elastic）势函数可以用来描述分子成键相互作用。它的主要特点是最大键长只能有限值，这是和harmonic成键函数的主要不同之处。文献中有两个常用的版本：
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Archive for the ‘工作相关’ Category.
Chinese character display with VPtyhon
VPython到底能不能显示中文字符？能显示哪些中文字体？下面的code给出答案。
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density profile的计算
1. Gromacs有一个工具g_density可以分析各个方向上原子的数密度和电子密度。
2. VMD有一个第三方插件VMD Density Profile Tool,可以根据原子类型分析密度分布。
3. LAMMPS的Pizza工具包有一个脚本density.py也可完成类似工作。
可根据需要选取。
Origin绘图软件编程语言的几个层次
Origin是科学绘图和数值分析领域的一个十分强悍的商业软件。即使在开源流行的今天，Origin凭其优势仍可傲视群雄。当今的GUI软件，一个符合趋势的做法是支持脚本或者这样那样的编程扩展。这是由应用的多样化以及GUI程序天然的特点造成的：用户不再满足单一的使用流程，但是GUI程序的界面元素往往是开发时就订死的。Origin也不例外，它从6.0以后也在不断地朝支持编程的方向努力。否则，你看看它的对手们，Scilab, Octave, Qtiplot等好多好多，哪个不是天生就支持一门编程（脚本）语言的呢？
如雷贯耳的名字：物理和化学领域荷兰的Nobel获奖者
Jacobus Henricus Van’t Hoff, 1901 Nobel Prize in Chemistry
Pieter Zeeman, 1902 Nobel Prize in Physics
Hendrik Antoon Lorentz, 1902 Nobel Prize in Physics
Johannes Diderik Van Der Waals, 1910 Nobel Prize in Physics
Heike Kamerlingh-Onnes, 1913 Nobel Prize in Physics
Petrus Josephus Wilhelmus Debye, 1936 Nobel Prize in Chemistry
Frits Zernike, 1953 Nobel Prize in Physics
Nicolaas Bloembergen, 1981 Nobel Prize in Physics
Simon Van Der Meer, 1984 Nobel Prize in Physics
评书吧批量下载脚本
通常只要修改Page_name和total_pages即可实现自动换页批量下载，喜欢听书的朋友可以试试。
Compile gromacs on Cygwin
Just some notes:
1. manually download and install fftw3. Do not use the cgywin package, or the path will not be recognized by Gromacs.
2. Needed Cygwin packages: lapack, gcc, g77, make and nasm. nasm is required for both fftw and Gromacs in order to compile the assembly codes.
Nonbond interactions in Materials Studio and unit conversion
1. by default, while using cff91, 1-2, 1-3 pairs are excluded. But 1-4 pair is considered as nonbond pairs. This is valid for both vdW and electrostatic interactions.
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Subversion+websvn on Debian
To get subversion+apache2 work on Debian is not very difficult. Basically including the following steps (ref: this post): Continue reading ‘Subversion+websvn on Debian’ »