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	<title>Nine Rivers &#187; 中文文章</title>
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	<description>Molecular modeling in Materials Sciences Web development Programming IT</description>
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		<title>FENE势函数的函数图像和不同版本</title>
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		<pubDate>Fri, 18 Nov 2011 13:22:48 +0000</pubDate>
		<dc:creator>9rivers</dc:creator>
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		<category><![CDATA[分子模拟]]></category>
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		<description><![CDATA[FENE（finitely extensible nonlinear elastic）势函数可以用来描述分子成键相互作用。它的主要特点是最大键长只能有限值，这是和harmonic成键函数的主要不同之处。文献中有两个常用的版本： 1. Kremer版： 特点是用一个WCA势函数作为“硬核”。不方便的地方是，势能的极小值与硬核势的参数有关，不是十分直观。同时这个势函数关于势能极小值是非对称的。 2. Binder版：无需而外硬核势防止原子重叠，势函数本身关于极小值对称，且可以直接指定势能极小值的位置。 FENE势函数的另一个特征是存在上下两个发散的边界位置，在边界处势能值为正无穷大。（Kremer版下边界在r=0位置，由WCA势函数参数控制。Binder版的下边界与rmax关于rmin对称，因此有可能在r&#60;0的位置） 具体的函数图象见下或参见我在SimuWorld上的帖子。 注：Kremer和Binder版FENE势函数在LAMMPS中分别由bond_style fene和bond_style fene/expand实现。]]></description>
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		<title>Chinese character display with VPtyhon</title>
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		<pubDate>Tue, 15 Nov 2011 08:38:12 +0000</pubDate>
		<dc:creator>9rivers</dc:creator>
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		<category><![CDATA[Python]]></category>

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		<description><![CDATA[VPython到底能不能显示中文字符？能显示哪些中文字体？下面的code给出答案。 123456789101112131415from visual import * label&#40;pos=&#40;0,0,0&#41;, text=u'测试'&#41; #print shapes.findSystemFonts() #pl = shapes.text(text=u'测试') #凡是ttf字体文件用windows字体查看器查看typeface name不乱码的（显示中文）字体都可以使用 text&#40;text=u'中文', align='center', depth=-0.3, color=color.green, font=u'C:\\WINDOWS\\Fonts\\simkai.ttf'&#41; text&#40;text=u'字体', align='center', depth=-0.3, color=color.yellow, font=u'C:\\WINDOWS\\Fonts\\msyh.ttf',pos=&#40;0,-1,0&#41;,height=0.5&#41; text&#40;text=u'字体', align='left', depth=-0.3, color=color.red, font=u'C:\\WINDOWS\\Fonts\\jianhuangcao.ttf',pos=&#40;0,-1,0&#41;&#41; 可见VPython不仅支持中文3D字体生成，而且也支持不同字体。但是我发现并不是所有中文字体都能使用，至少在我的英文版WinXP上是这样。一个技巧是，在windows中双击字体ttf文件用字体查看器查看字体，如果显示的typeface name是正确的中文字符，那么这个字体可以使用，如果是乱码则不能。 最近VPython又加入了extrusion的功能，因此生成的中文字形也可以经过挤出形成其它复杂造型，会有很多不同用途。]]></description>
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		<title>density profile的计算</title>
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		<pubDate>Fri, 28 Oct 2011 12:25:53 +0000</pubDate>
		<dc:creator>9rivers</dc:creator>
				<category><![CDATA[分子模拟]]></category>
		<category><![CDATA[工作相关]]></category>

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		<description><![CDATA[1. Gromacs有一个工具g_density可以分析各个方向上原子的数密度和电子密度。 2. VMD有一个第三方插件VMD Density Profile Tool,可以根据原子类型分析密度分布。 3. LAMMPS的Pizza工具包有一个脚本density.py也可完成类似工作。 可根据需要选取。]]></description>
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		<title>Gmail用户名中的“.”是可以省略的</title>
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		<pubDate>Fri, 28 Oct 2011 09:54:27 +0000</pubDate>
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		<description><![CDATA[后知后觉的我有了一个新发现，Gmail用户名中的小数点可以省略，也可以随意添加。参见：这里 如果您想在用户名中使用更少或更多的点 (.)，则不必进行任何更改。如果您的用户名为“my.address@gmail.com”，则发送到“myaddress@gmail.com”和 “m.y.a.d.d.r.e.s.s@gmail.com”的邮件都会发送到您的收件箱。了解关于点的更多信息。]]></description>
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		<title>Excluding syntax for folder synchronization in Unreal Commander</title>
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		<pubDate>Tue, 11 Oct 2011 16:52:05 +0000</pubDate>
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		<category><![CDATA[软件应用]]></category>
		<category><![CDATA[unreal commander]]></category>

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		<description><![CDATA[Unreal Commander is one of the best file manager software which is free of charge. When you want to synchronize two directories with considering only the specified file types, you will need to define filter string. &#8220;*.*&#8221; means to compare all files; &#8220;*.txt&#8221; means to compare also the text file. However, how can you compare [...]]]></description>
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		<title>国人很忙</title>
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		<pubDate>Thu, 13 Jan 2011 07:58:28 +0000</pubDate>
		<dc:creator>9rivers</dc:creator>
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		<category><![CDATA[一句话]]></category>

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		<description><![CDATA[中国人太忙了，忙得顾不上关注道德“小节”了，即使是被揭露的丑陋伤疤也会变成过眼云烟。]]></description>
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		<title>Python initial script for Qtiplot</title>
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		<pubDate>Tue, 23 Nov 2010 14:25:58 +0000</pubDate>
		<dc:creator>9rivers</dc:creator>
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		<category><![CDATA[Qtiplot]]></category>

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		<description><![CDATA[OK, even after reading the handbook a few times, it is not very clear which python file is the initial script for Qtiplot. It is important to know if you want to extend Qtiplot with python. After checking all the default python files in the Qtiplot installation path, I found qtiplotrc.py should be the one, [...]]]></description>
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		<title>学习技巧3则</title>
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		<pubDate>Wed, 10 Nov 2010 17:12:38 +0000</pubDate>
		<dc:creator>9rivers</dc:creator>
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		<description><![CDATA[读Blog有如读作者的思想，尤其是读好的Blog。就像【学而时嘻之】这个Blog，就是一个代表。作者的博闻和睿智在其字里行间可见一斑。下面的几个有助于提高工作或学习效率的技巧即出自此博客。虽然原作者已经通过广泛的阅读和实践总结出一些精华文章，但是我在此还是偷懒了，仅列出要点中的要点，主要用于自勉。 1. 关于学习的最佳状态 通常我们工作学习中接触的东西可分三类：已熟知的、部分未知的和高深晦涩的。对应于这三种知识有三种学习状态：舒适区、学习区和厌恶区。也就是说对于我们熟知或比较容易的东西，学习起来处于一种舒适安逸状态；对于部分新知且需要思考或练习的东西，我们需要努力学习才能掌握；而对于十分高深或超出我们理解能力的东西，则导致一种畏惧或厌恶情绪。最有效率的状态是学习区，保持自己始终在学习区是进步最快的。 2. 强力学习 即在学习时保持最高注意力，即使不能保证学习时间，也要保证学习质量。这是提高效率的不二法门。（曾经读过一本关于速读的书，强调的也是这个） 3. 关于GTD GTD的精髓其实在于：用一个任务列表取代时间列表，并严格按照优先级（不必在乎所需时间）执行。（GTD需要：收集，处理，审阅）]]></description>
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		<title>创业者的感悟：执行和想法，78% 和 22%</title>
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		<pubDate>Mon, 30 Aug 2010 13:55:11 +0000</pubDate>
		<dc:creator>9rivers</dc:creator>
				<category><![CDATA[杂感]]></category>

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		<description><![CDATA[Preimes Plus是一个创业团队，虽然看不出他们到底有什么与众不同，但是看起来这些创业者应该是对创业有一些独到的理解的。正如他们这篇关于执行和想法关系的文章，应该是历经一些成功和失败之后得到的感悟。文章的中心思想是：用78%的精力去实现对成功只有22%贡献的想法，强调持之以恒的实践对一个项目成功的重要性。虽然这不是什么新的发现，但是的确值得时常引以为鉴。]]></description>
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		<title>Origin绘图软件编程语言的几个层次</title>
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		<pubDate>Fri, 20 Aug 2010 12:47:23 +0000</pubDate>
		<dc:creator>9rivers</dc:creator>
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		<description><![CDATA[Origin是科学绘图和数值分析领域的一个十分强悍的商业软件。即使在开源流行的今天，Origin凭其优势仍可傲视群雄。当今的GUI软件，一个符合趋势的做法是支持脚本或者这样那样的编程扩展。这是由应用的多样化以及GUI程序天然的特点造成的：用户不再满足单一的使用流程，但是GUI程序的界面元素往往是开发时就订死的。Origin也不例外，它从6.0以后也在不断地朝支持编程的方向努力。否则，你看看它的对手们，Scilab, Octave, Qtiplot等好多好多，哪个不是天生就支持一门编程（脚本）语言的呢？ Origin发展到版本8以后，编程扩展的支持已经初具规模。早期的版本支持Labtalk，说实话当年尝试使用labtalk自动化一些操作的时候，一个突出的感觉就是十分混乱、摸不着头绪。这是因为Labtalk并不是一个系统的编程语言，充其量也就是其它软件中Macro的概念，它主要是用于操作一些Origin内置的对象，实现简单的计算。其后，大概是版本7以来，Origin引入了C语言支持，并提供了一个内置的IDE方便撰写C语言的扩展程序，这也被延续到最新的版本。Origin的C应该说绝对是标准C的超集在超集，因为在Origin内部，你可以自由地使用内置对象（如工作表），数值计算库NAG，各种图形元素，甚至还支持matrix和vector之类的数据类型和操作，同时也引入部分C++概念（例如类）以及一些动态语言才有的迭代方法（foreach）。到了最新的8世代，Origin引入了x-function机制。那么这些x-functions到底是什么？其实很简单，我们可以想象Origin所有的界面操作其实都是调用了底层的x-functions，换句话说就是Origin底层的所有操作（例如表格元素复制，积分计算等）都是由x-function实现的，而x-function是用xml记录的。至于x-function是不是最终会执行更底层的C代码，我没有深究（猜想应该是这样），不过如果关心效率则需要考察。x-function机制的好处不仅在于实现了所有的操作，也在于它可以被处处调用。无论是命令窗口，GUI的脚本窗口还是Origin C或labtalk中都可以直接调用，同时Origin提供了一个x-function编辑器以便用户随时扩展。 综上所述，Labtalk，x-function和Origin C是Origin软件中编程扩展的三大利器。它们工作在不同层次，Labtalk是脚本级的，无需编译，用于粘合各种内置函数和GUI对象；x-function实现了所有具体操作和分析计算功能，可以被Labtalk和Origin C自由调用；Origin C是“终极杀手”，所有你认为Origin中不存在的功能都可以用你自己的逻辑去实现。有了这三种编程机制，Origin已经从一个普通的GUI超脱为一个全能选手：从文件IO，到数值分析计算，到强大的绘图功能和外部程序的交互都可以籍此在Origin内部实现。（感觉其终极目标就是变为另一个Matlab，虽然它们的体重和定位有些不同。） 以上是个人对Origin功能的初级理解，仅供参考。如有错误，欢迎指正！]]></description>
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